לאחר מלחמת מדיין ספרו שרי האלפים והמאות את אנשיהם. לאחר שנוכחו לדעת כי לא נפקד מהם איש, תרמו את כלי הזהב אשר מצאו כדי לכפר על הלוחמים ששרדו. תרומה זו מזכירה את תרומת מחצית השקל. בשני המקרים נמנו יוצאי הצבא, ובשני המקרים שימש הכסף זיכרון וכפרה לבני ישראל לפני ה'. אולם, בניגוד למחצית השקל, במלחמת מדיין התרומה נלקחה בעקבות הספירה שהתבצעה לאחר המלחמה ולא כחלק מהספירה של הלוחמים שהתבצעה לפניה. מדוע?
תהליך הספירה יכול לגרום לצורך בכפרה. כאשר ראשו של אדם נישא, כאשר הוא נפקד וזכרונו מועלה, הוא נבחן גם בעולמות עליונים והבאת כפרה יכולה להגן מפני קטרוג שעלול לעלות. אמנם, כמו במפקד מחצית השקל, גם במלחמת מדיין נספרו החיילים לפני הקרב. אולם הספירה לפני מלחמת מדיין הייתה שונה במהותה מהספירה שנערכה במפקד מחצית השקל, וגם מזו שהתבצעה לאחר המלחמה. בשני האחרונים התורה משתמשת בביטוי "נשיאת ראש": כִּי תִשָּׂא אֶת רֹאשׁ בְּנֵי יִשְׂרָאֵל לִפְקֻדֵיהֶם (שמות ל יב) - במחצית השקל, ולאחר מלחמת מדיין: וַיֹּאמְרוּ אֶל מֹשֶׁה עֲבָדֶיךָ נָשְׂאוּ אֶת רֹאשׁ אַנְשֵׁי הַמִּלְחָמָה אֲשֶׁר בְּיָדֵנוּ וְלֹא נִפְקַד מִמֶּנּוּ אִישׁ (במדבר לא מט). הביטוי "נשיאת ראש" לא מופיע בספירה שנערכה לפני מלחמת מדיין. במקום זה נאמר: וַיִּמָּסְרוּ מֵאַלְפֵי יִשְׂרָאֵל אֶלֶף לַמַּטֶּה שְׁנֵים עָשָׂר אֶלֶף חֲלוּצֵי צָבָא. (במדבר לא ה). מדוע?
הספירה לפני מלחמת מדיין לא הייתה נשיאת ראשם של יחידים שיוצרים מהות אחת, כמו במפקד של מחצית השקל. היא הייתה ספירה לצורך מילוי מכסות של אלף איש למטה. כאשר ממלאים מכסות, אין משמעות לאדם הפרטי, אין נשיאת ראש ולכן, אין צורך בכפרה. לעומת זאת, בסיום המלחמה ספרו שרי האלפים והמאות את הלוחמים כדי לדעת את מספרם של השורדים. זו כבר ספירה של נשיאת ראש שבה לכל יחיד ויחיד יש משמעות. הספירה העלתה כי בדרך נס לא נפקד איש. על כן, ראו מפקדי הצבא מקום לכפר על נפשותיהם של הלוחמים שהיו אמורים להיהרג במלחמה כדי שלא יפרעו מהם לאחר מכן.
במקרה של מחצית השקל הכפרה ניתנה באופן אישי על ידי כל לוחם ולוחם. לעומת זאת, במלחמת מדיין היא ניתנה על ידי המפקדים באופן קולקטיבי. ייתכן שהסיבה לכך היא שלמרות שהספירה לאחר המלחמה הייתה כזו שנשאה את ראשו של כל יחיד ויחיד, עדיין, אותם יחידים היו במקור חלק מקולקטיב שהגדיר אותם ולא להפך, ולכן היה מקום לכפרה קולקטיבית ולא אישית.