אחד המוטיבים שחוזר לאורך סיפור הבריאה הוא ההבדלה שעושה אלוהים בין ישויות, בדר"כ מנוגדות. אלוהים מבדיל בין האור ובין החושך, בין היום ובין הלילה, בין המים שמעל לרקיע למים שמתחת לרקיע, בין הים ליבשה וכן הלאה. הבדלה היא תהליך עקרוני בבריאה ובהתנהלות העולם, והיא הבסיס ליצירת חיים והתחדשות. ההפרדה מקטינה את האנטרופיה, עושה סדר ביקום ומאפשרת לכל ישות למצות את שגלום בה ולהמשיך להתפתח באופן ספונטני.
לדוגמה, ההפרדה בין המים ליבשה שנעשתה בתחילת היום השלישי. לארץ יש את היכולת להוציא חיים באופן ספונטני אבל יכולת זו יכלה לבוא לידי ביטוי רק לאחר שהארץ הופרדה מהמים שכיסו אותה. וכך גם הים מסוגל להשריץ יצורים כאשר הוא נפרד מהארץ. כמובן, כל זה קרה רק לאחר שאלוהים ציווה על הארץ ועל המים לעשות כך.
מוטיב שני שחוזר במעשה הבריאה הוא בריאה מסדר שני. אלוהים אינו בורא בעצמו את הצמחים, הדגים, העופות ובעלי החיים אלא מבקש מהארץ ומהימים להביא חיים בעצמם ומתוכם. אלוהים רק מתחיל את התהליך במעשה ההפרדה ומצווה על הישויות שהופרדו להמשיך להתפתח בעצמם. למעשה אלוהים בורא מעט מאוד דברים יש מאין. עיקר מעשיו בששת ימי הבריאה הם הפרדה ואבחנה בין ישויות והמשך הבריאה וההתפתחות דרכם.
לעיתים ההפרדה נדרשת לא רק כדי למצות את הפוטנציאל של הרכיבים שהופרדו, כמו במקרה של הארץ והים אלא כדי ליצור משהו חדש שלא קיים באף אחד מהישויות הנפרדות. לדוגמה, החלוקה לזכר ולנקבה מאפשרת לכל מגדר למצות את הפוטנציאל הייחודי שלו, נניח לפי מודל הציידים והמלקטות. אבל היא גם מאפשרת משהו חדש שלא קיים בכל מגדר בנפרד - להביא חיים חדשים לעולם, לפרות ולרבות.
לעיתים, נדרש ליצור את הרכיב המשלים כדי לאפשר יצירה חדשה שנוצרת מהמתח בין שני הרכיבים. דוגמה לכך היא יצירת האור. התורה מתארת את המצב ההתחלתי ששרר - וְחֹשֶׁךְ עַל פְּנֵי תְהוֹם (בראשית א ב). אלוהים יצר את האור וראה שהוא טוב. ההמשך המתבקש הוא שאלוהים ישאיר את האור ויבטל את החושך אבל לא כך הוא עשה. במקום זאת אלוהים הבדיל בין האור ובין החושך ויצר את מחזור היום והלילה החיוני לוויסות המקצבים הביולוגיים, האיזון האקולוגי, מדידת זמן, רווחה פסיכולוגית, ויסות חום סביבתי ועוד.
הרעיון שדווקא ההפרדה לישויות מובחנות היא זו שמאפשרת את התפתחות החיים חוזרת על עצמה לאורך התורה בסיפורים רבים. לדוגמה, בסיפור מגדל בבל שם ניסו בני האדם לדבר בשפה אחת, ולקיים תרבות אחת במקום אחד ותגובת אלוהים הייתה הפצה של האנושות על פני כל הארץ (בראשית יא א-ט). אפילו ההפרדות שביצע יעקב בצאנו של לבן הוכיחו את עצמם בכך שהצליחו להגדיל את כמות הצאן שהוגדרה כשכרו (בראשית מ לא-מב). ויתכן שתפיסה זו היא העומדת מאחורי חוקים רבים בתורה הדורשים הבדלה, בין מאכלים מותרים לאסורים, בין טומאה לטהרה בין ישראל לעמים וכדומה.